学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点

採択課題 【詳細】

11-NA05 超並列分子軌道法プログラムOpenFMOの性能評価と高性能化
課題代表者 南 一生(理化学研究所)
概要 並列処理向きと考えられているフラグメント分子軌道(FMO)法を用いたハイスループットのタンパク電子状態計算を可能にすることを目指して、並列FMOプログラムOpenFMOの超並列化を行う。昨年度の負荷バランスに着目した最低化に引き続いて、今年度は、通信負荷に注目して、最適化を行うことにした。無駄な通信の削減や、通信と演算のオーバーラップなどを行うことで見かけの通信負荷を削減し、さらなる並列性能向上に挑む。
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